Les préposés agricoles régionaux veillent sur le terrain au respect des exigences liées aux paiements directs et vérifient les données de structure des exploitations. Ils sont également les interlocuteurs directs des agriculteurs de leur région lors de demandes de renseigenements et transmettent certains rappels ou informations liés aux bonnes pratiques agricoles.
Leur travail se déroule principalement auprès des exploitations agricoles de leur secteur (voir répartition ci-dessous), mais ils peuvent également être amenés à intervenir auprès de particuliers, des communes ou encore des services publics, par exemple dans le cadre de la lutte contre les plantes invasives.