Depuis 2014, l'ANAPI est mandatée par le Service de la consommation et des affaires vétérinaires (SCAV) pour effectuer les Contrôles Officiels de Base qui regroupent :
- La protection des animaux (OPAn)
- L'hygiène dans la production primaire (OPPr)
- L’hygiène du lait (OHyL)
- Les médicaments vétérinaires (OMédV)
- La santé animale (SA)
- Le trafic des animaux (BDTA)
La garde des animaux de rente conforme à la législation sur la protection des animaux fait partie intégrante des exigences liées aux prestations écologiques (PER) (art. 12 de l'OPD).